Μια νέα μελέτη έχει αποκαλύψει μόλις 2.000 νέα είδη βακτηρίων του εντέρου. Πρόσφατες μελέτες που καλύπτονται από τις Ιατρικές Ειδήσεις Σήμερα έχουν δείξει ότι το μικροβιακό έντερο μπορεί να έχει ρόλο στη νόσο του Πάρκινσον και την άνοια και μπορεί να εξηγήσει γιατί το φάρμακο διαβήτη τύπου 2 λειτουργεί καλά για μερικούς αλλά όχι για άλλους.
Νέα έρευνα – που εμφανίζεται χθες στο περιοδικό Nature – έχει πλέον εντοπίσει σχεδόν 2.000 νέα βακτηριακά είδη του εντέρου που οι επιστήμονες δεν έχουν καλλιεργήσει ποτέ σε εργαστήριο πριν. Η ομάδα ερευνητών, από το Ευρωπαϊκό Ινστιτούτο Βιοπληροφορικής (EMBL-EBI) και το Ινστιτούτο Wellcome Sanger, και στο Hinxton, Ηνωμένο Βασίλειο, χρησιμοποίησε υπολογιστική ανάλυση για να αξιολογήσει τα δείγματα μικροβιολογικών εντέρων από συμμετέχοντες σε ολόκληρο τον κόσμο.
«Οι υπολογιστικές μέθοδοι μας επιτρέπουν να κατανοήσουμε τα βακτηρίδια που δεν μπορούμε ακόμα να καλλιεργήσουμε στο εργαστήριο», εξηγεί ο συγγραφέας της μελέτης Rob Finn, από το EMBL-EMI. «Η χρησιμοποίηση της μεταγονιδιωματικής [ανάλυσης γενετικού υλικού] για την αναδημιουργία βακτηριακών γονιδιωμάτων είναι σαν να ανακατασκευάζουμε εκατοντάδες παζλ μετά την ανάμειξη όλων των κομματιών, χωρίς να γνωρίζουμε τι θα φαινόταν να φαίνεται η τελική εικόνα και αφού αφαιρέσαμε εντελώς μερικά κομμάτια από αναμειγνύεται μόνο για να γίνει αυτό λίγο πιο δύσκολο «, συνεχίζει.
Εντούτοις, ο Finn συνεχίζει να σημειώνει ότι «οι ερευνητές βρίσκονται τώρα σε ένα στάδιο όπου μπορούν να χρησιμοποιήσουν μια σειρά υπολογιστικών εργαλείων για να συμπληρώσουν και μερικές φορές να καθοδηγήσουν την εργαστηριακή εργασία, προκειμένου να αποκαλύψουν νέες ιδέες στο ανθρώπινο έντερο».
Μια νέα προσέγγιση
Η ομάδα μπόρεσε να αναδημιουργήσει 92.143 γονιδιώματα από δείγματα από 11.850 διαφορετικά μικροβιακά εντέρων. Αυτό επέτρεψε στους ερευνητές να εντοπίσουν 1.952 είδη βακτηρίων του εντέρου που δεν είχαν ξέρει αυτοί και άλλοι για αυτό το σημείο.
Ο Finn και οι συνάδελφοί του εξηγούν ότι πολλά βακτηριακά είδη έχουν «διατηρήσει ένα χαμηλό προφίλ», λέγοντας έτσι, επειδή οι επιστήμονες τους έχουν βρει μόνο σε πολύ μικρούς αριθμούς στο έντερο ή δεν μπορούν να επιβιώσουν εκτός του περιβάλλοντος του εντέρου. Νέα έρευνα δείχνει ότι τα βακτήρια του εντέρου θα μπορούσαν να διαδραματίσουν κάποιο ρόλο στα συμπτώματα της κατάθλιψης.
Αυτό, σημειώνουν, έχει μέχρι στιγμής αποτρέψει τους επιστήμονες από την προσθήκη τέτοιων ειδών στον κατάλογο των βακτηρίων του εντέρου τους οποίους γνωρίζουν. Αυτός είναι και ο λόγος για τον οποίο η ομάδα που διενήργησε την τρέχουσα μελέτη αποφάσισε να πάρει μια νέα διαδρομή – και να χρησιμοποιήσει έναν συνδυασμό υπολογιστικών μεθόδων για να προσπαθήσει να βρει έναν πιο ολοκληρωμένο «χάρτη» της ανθρώπινης μικροβιοτότητας. «Οι υπολογιστικές μέθοδοι μας επιτρέπουν να έχουμε μια ιδέα για τα πολλά βακτηριακά είδη που ζουν στο ανθρώπινο έντερο, για τον τρόπο με τον οποίο εξελίχθηκαν και για το είδος των ρόλων που μπορούν να παίξουν μέσα στην μικροβιακή τους κοινότητα», λέει ο συν-συγγραφέας της μελέτης Αλεξάντερ Αλμέιντα.
